Při zajišťování BOZP a PO dochází k nakládání s osobními údaji zaměstnanců i dalších osob. Proto i při této činnosti je nezbytné zohledňovat požadavky na zajištění souladu s GDPR. Zaměstnavatel si musí vytvořit svá specifická pravidla na základě konkrétních podmínek nakládání s osobními údaji, která poté musí dodržo­vat, a tak zajišťovat soulad s GDPR, který musí být schopen prokázat.

V pátek 25. května 2018 nabyla účinnosti nová právní úprava ochrany osobních údajů - Nařízení Evropského parlamentu a Rady 2016/679, o ochraně fyzických osob v souvislosti se zpracováním osobních údajů a o volném pohybu těchto údajů a o zrušení směrnice 95/46/ES, zkráceně nazývané GDPR (obecné nařízení o ochraně osobních údajů). Toto nařízení se dotýká i zajišťování BOZP a PO. V BOZP dokonce dochází ke zpracování zvláštní kategorie osobních údajů (dříve „citlivých údajů“).