Orgány, které vykonávají státní správu v ochraně veřejného zdraví jsou Ministerstvo zdravotnictví, krajské hygienické stanice a ministerstva životního prostředí, obrany, vnitra, dopravy, průmyslu a obchodu, pro místní rozvoj a krajské úřady.

Ministerstvo zdravotnictví řídí a kontroluje státní správu na úseku ochrany veřejného zdraví, řídí hygienické stanice a rozhoduje o odvoláních proti jejich rozhodnutím. Zřizuje funkci hlavního hygienika ČR, který je ve věcech ochrany veřejného zdraví orgánem ministerstva a

• řídí očkování a nařizuje mimořádná opatření při epidemiích při výskytu nebezpečných či podezřelých výrobků, při živelních pohromách pokud mají být provedena na území více krajů
• nařizuje opatření před zavlečením infekce ze zahraničí a dává povolení k mimořádnému očkování
• sestavuje celorepublikové programy ochrany a podpory veřejného zdraví a programy prevence infekce vyvolané HIV a řídí jejich realizace
• stanovuje zásady monitorování zdravotního stavu obyvatelstva a řídí výchovu k podpoře a ochraně veřejného zdraví
• je oprávněno stanovit, že určitý výrobek je nebezpečný pro zdraví a vyhlásit tuto skutečnost ve sdělovacích prostředcích.

Krajské hygienické stanice vydávají rozhodnutí, povolení a osvědčení v rámci svých úkolů v ochraně veřejného zdraví a provádějí státní zdravotní dozor.

• právo projednávat přestupky na úseku veřejného zdraví a udělovat sankce za nedodržení jeho ustanovení,
• nařizovat, organizovat a řídit opatření k prevenci infekcí a usměrňovat při tom činnost zdravotnických zařízení,
• nařizovat mimořádná opatření při živelních pohromách,
• provádět dozor nad plněním povinnosti zajistit závodní preventivní péči, 
• nařizovat uchování vzorků pokrmů při podezření na vznik alimentární infekce,
• usměrňovat činnost osob poskytujících péči v oblasti hygieny provozu a prevence nemocničních nákaz,
• hodnotit zdravotní rizika pro obyvatelstvo a podílet se na monitorování zdravotního stavu,
• řídit a kontrolovat místní programy ochrany a podpory veřejného zdraví a podílet se na úkolech integrovaného záchranného systému.

Orgány ochrany veřejného zdraví provádějí zdravotní dozor, který se týká dohledu, zda osoby plní zákonné povinnosti a v rámci této pravomoci mohou pozastavit činnost, která zákon porušuje, mohou pozastavit uvedení na trh výrobků podezřelých nebo nebezpečných, mohou prověřovat znalosti u osob, které vykonávají činnosti epidemiologicky závažné, mohou zakázat používaní nekvalitní pitné vody, dále mohou pozastavit provoz zdroje hluku nebo neionizujícího záření do doby než se odstraní zjištěná závada, pozastavit používání látky, suroviny, polotovaru nebo potraviny, pokud je podezření, že nevyhovují požadavkům na zdravotní nezávadnosti a nařídit sanitaci, nařídit způsob zacházení s prádlem ze zdravotnického zařízení, je-li to nezbytné pro zamezení vzniku a šíření infekce, nařídit okamžité uzavření provozovny, zjistí-li se nebezpečí ohrožení života nebo zdraví (na dva provozní dny), při zjištění zdravotně závadných potravin je mohou na místě znehodnotit nebo nařídit jejich likvidaci, z protiepidemických důvodů mohou nařídit lékařskou prohlídku u osob, které vykonávají činnosti epidemiologicky závažné, dále nařídit mimořádné preventivní lékařské prohlídky k prevenci ohrožení zdraví při práci.

Krajská hygienická stanice je oprávněna vydat vlastní právní předpis pro území svého kraje, který se týká mimořádných opatření při epidemii, nebezpečí z nejakostních výrobků nebo podezřelých vod, při živelních pohromách a nařídit velkoplošnou ochrannou desinfekci, dezinsekci nebo deratizaci.
Za nesplnění nebo porušení povinností stanovených zákonem o ochraně veřejného zdraví může orgán ochrany veřejného zdraví (hygienik) fyzické nebo právnické osobě uložit pokutu do výše 2,000.000 Kč.

Státní zdravotní ústav a zdravotní ústavy jsou vedle ministerstva zdravotnictví a krajských hygienických stanic dalšími institucemi, které v ČR působí v oblasti ochrany a podpory veřejného zdraví. Jejich působnost vymezuje § 86 zákona o ochraně veřejného zdraví.

Státní zdravotní ústav v Praze se zabývá výzkumem vztahů mezi životními podmínkami a zdravím, kontrolou kvality služeb v ochraně veřejného zdraví, postgraduální výchovou v lékařských oborech na úseku ochrany a podpory veřejného zdrav a zdravotní výchovou obyvatelstva. Provádí expertizní činnost, ve které pro podnikatele posuzuje zdravotní nezávadnost výrobků, pracovní prostředí apod. V ústavu jsou zřízeny referenční laboratoře, které vyvíjejí a ověřují metody vyšetřování a notifikují (schvalují) v případě potřeby výsledky jiných laboratoří.

• zpracovává podklady pro státní dravotní politiku,
• sleduje trendy hromadně se vyskytujících nemocí a výsledky poskytuje orgánům ochrany veřejného zdraví 

Státní zdravotní ústav je zdravotnické zařízení, zřizovatelem je ministerstvo zdravotnictví.

Zdravotní ústavy jsou zdravotnická zařízení zřízená ministerstvem v krajích a vyšetřují složky životního a pracovního prostředí pro potřeby krajských hygienických stanic, které tyto kapacity nemají (jsou jen správními úřady). Vyšetření provádějí také pro soukromý sektor, veřejnost a podnikatele.

Pro ochranu veřejného zdraví je důležitá činnost dalších orgánů a institucí, zejména ministerstva životního prostředí a ministerstva zemědělství a výživy.

	V resortu životního prostředí pracuje Česká inspekce životního prostředí, která dohlíží na dodržování právních předpisů ve věcech životního prostředí, provádí kontroly a ukládá opatření k odstranění zjištěných nedostatků, případně ukládá pokuty za porušení zákonů nebo může omezit, či zastavit činnost znečišťovatele.
	V resortu zemědělství působí Státní zemědělská a potravinářská inspekce, která mj. dohlíží na dodržování předpisů na kvalitu a zdravotní nezávadnost při výrobě potravin.
	Státní veterinární správa kontroluje dodržování předpisů v živočišné výrobě – v oblasti veterinární hygieny a zdravotní nezávadnosti masných výrobků.
	V resortu ministerstva průmyslu a obchodu je zřízen Státní úřad radiační ochrany, který kontroluje dodržování předpisů na ochranu zdraví a prostředí před radioaktivitou z jaderných elektráren a dalších zdrojů (práce sizotopy, radiodiagnostika ve zdravotnictví apod.)

KŘÍŽ, Jaroslav. Ochrana zdraví In Ochrana a podpora zdraví. Praha: Nadace CINDI, 2011. S. 28-36. ISBN 978-80-260-1159-0. Dostupné z WWW: http://www.szu.cz/uploads/documents/czzp/CINDI/OCHRANA_A_PODPORA_ZDRAVI.pdf.